治疗扁平疣主要是免疫调节类药物，可以防止复发，平常还要多锻炼身体增强免疫力，还可以配合外用药物进行治疗，同时也可以用抗病毒药物，要遵医嘱使用药物。注意观察，适当运动增强抵抗力。
每次用的时候把一粒或半粒鸦胆子仁压碎，在有扁平疣的部位慢慢刮掉表层皮肤直到皮肤很薄了，然后把压碎的仁敷在皮肤上，用医用胶贴好，晚上睡觉前贴好，早上起来全部去掉，皮肤会发红，然后肿起来，还有点痒。或蘸少量鸦胆子油滴于疣上，每4-7天1次，10次为一疗程。
扁平疣确实有一定的复发几率的，此病是由于病毒感染引起的，存在着一定的复发几率，有很多人治疗扁平疣后没过多长时间，疣体会自行复发，对于扁平疣的治疗要除疣体，还要结合抗病毒的药物进行治疗。
治疗扁平疣的办法可能有：、外用药物，选择药物进行扁平疣治疗，能够达到杀菌消毒和治疗疾病症状的作用；、物理治疗，可用冷冻治疗来破坏或切除患处的活组织，也可用激光治疗，将激光作用于局部患处，破坏病变组织，能够有效抚平皮肤表面的丘疹；、口服药物，病情严重服用药物进行治疗，但是这种药物副作用较大，注意不能滥用药物。后期还得继续抗病毒治疗，定期复查。
一般情况下，扁平疣是一种人乳头瘤病毒感染导致的皮肤病。具体内容如下：
不注意个人卫生、病毒感染等原因可能导致患者出现扁平疣，这是一种人乳头瘤病毒感染导致的皮肤病，患者可以及时前往正规医院，在医生指导下使用维A酸乳膏、重组人a-2b干扰素乳膏等药物进行治疗，如果情况严重，还可以前往正规医院，通过液氮冷冻、激光烧灼来治疗。
