如果有多年的扁平疣，疾病是很难完全治疗好的，治疗好之后也有可能会复发，首先可以对症用抗病毒的药物，同时还可以配合用一些免疫调节类药物，平时生活中在饮食上也要多注意，不要食用过多的辛辣的刺激性食物。
扁平疣的治疗方法有很多，一般是内服药物配合外用药。内服药物一般是抗病毒药，扁平疣会影响个人的美观，还会导致有轻微的瘙痒症状，涂药膏可能需要一两个星期才会慢慢有效果，想要快点消除，主要是可以到医院通过激光的方法。
大部分发现扁平疣可以去医疗中心开中药外洗，每天两次。皮肤消毒以后选用推疣的方法，将疣体推掉，一般采用具有腐蚀作用的中药进行腐蚀，如果扁平疣体积较大，也可以采用针灸的办法。
去除扁平疣最快可以采取激光或冷冻治疗。扁平疣是感染人乳头瘤病毒引起的皮肤病，扁平疣有传染性，所以直接的接触就会造成传染而发病。另外也有可能使因为自体接种所引起的，病人主要为青少年和儿童，具有直接传染和间接传染两种类型。
扁平疣的治疗主要采用外用药物治疗和物理治疗，内用药物治疗多用于皮疹数目较多或久治不愈者。内用药物治疗，目前尚无确切有效的抗人类乳头瘤病毒治疗药物，可试用免疫调节剂。同时还应该注意饮食健康，不要吃太多油腻的食物。
可以外用药物去治疗，也可以物理治疗。首先选用外用药物，主要适合于扁平疣物理治疗，比如选用冷冻、电烧以及激光的治疗效果都是不错的。包括系统性的药物治疗，可以选用干扰素、左旋咪唑等，都可以有效的去治疗扁平疣，效果都是不错。
