大拇指手指甲严重变形凹陷考虑体内缺钙，缺锌的可能性比较大。去当地医院就诊，化验微量元素，平时要均衡营养，检查结果采取相应的治疗，可以抗真菌的药物或者一些洗剂，注意休息。
钙缺乏、铁缺乏、锌缺乏等，但它不是绝对的。根据其他表现，可以适当补充钙、锌，多吃富含铁的食物，注重强化营养，合理膳食结构。每年至少检查一次，看看是否贫血，是否缺乏维生素和矿物质。
手指甲凹陷是一种常见的甲畸形，多称作匙状甲或反甲，以甲板变薄，中央凹陷而周围隆起呈匙行为特征。可能是工作时长时间接触强碱性肥皂或石油产品所导致的。也可能是某些皮肤病如湿疹、扁平苔藓、冻疮、黑棘皮病、斑秃等，以及一些系统性疾病如甲状腺功能亢进或低下、梅毒、冠心病、风湿热、伤寒等导致的手指甲凹陷的现象。
手指甲凹陷是由于平时缺丐导致的，也有可能是由于体内微量元素及维生素缺乏有很大的关系，可以做一个微量元素化验一下，吃些含钙量含蛋白质丰富的食物，同时要注意卫生的清洁，可以做一些户外的运动，加强自身的免疫功能。
恶性的贫血，手部的慢性湿疹，银屑病，扁平苔癣等皮肤病，病程较长会导致指甲变形，出现凹陷以及顶针甲等情况的。另外甲营养不良，咬甲癖也会导致指甲出现凹陷和凹凸不平的情况的。
