手指甲上有坑和竖纹应该是严重缺乏微量元素引起，平时饮食要营养搭配均衡，多吃些含钙和维生素比较高的食物，多喝牛奶，可口服钙片加多种生素片，按疗程服用，会对症状有所改善。
手指甲有竖纹和凹陷的小坑可能是近期过度劳累、长期熬夜、饮食不规律，导致体内微量元素缺乏、营养不良有关，也可能是慢性疾病的表现，比如慢性肠胃炎。还有可能是感染了灰指甲导致的。
考虑是体内出现缺锌，钙，及维生素引起的。指甲是由皮肤角化生成的，内充满角蛋白质。皮肤缺少锌钙维生素等营养，就会出现指甲凹凸不平及竖纹现象。所以富含蛋白质和钙，锌的食物是保持健康、光滑、亮泽指甲的基本要素。
一般情况下，指甲上很多小坑可能是缺钙、真菌感染等因素造成的，具体内容如下：
1.缺钙：挑食、节食等因素可能导致患者出现缺钙的情况，可能导致患者指甲上很多小坑。患者可以遵医嘱使用葡萄糖酸钙口服溶液等药物进行治疗，也可以吃一些牛奶、红枣等来补钙。
2.真菌感染：真菌感染可能诱发甲癣，可能导致患者甲面方式变化，可能出现指甲上很多小坑的情况。患者应及时就诊，遵医嘱进行抗真菌治疗，以免耽误病情。
可能包括钙缺乏、铁缺乏、锌缺乏等，但它不是绝对的。根据其他表现，可以适当补充钙、锌，铁，注重强化营养，合理膳食结构。可以检查看看是否贫血，是否缺乏维生素和矿物质。
指甲上有很多小坑，由于缺钙，可以吃一些补血补钙的食物，可以多晒太阳，促进钙的吸收，提高免疫力。去做骨密度检测，或者是缺钙检测，确定病因之后在进行治疗。也可能是由于真菌感染引起的。