毛囊炎是真菌还是细菌鉴别起来是通过化验检查，如果同用眼睛看，真菌感染相对来说是大小比较均匀，比较光滑的痘痘，细菌感染比较尖，比较红，甚至有的有脓头就是细菌感染的可能性更大一些。
真菌毛囊炎可以通过外用药物治疗，也可以口服药物治疗。
真菌毛囊炎多数是由于真菌感染所引起的，可以外用抗真菌的药物，比如酮康唑软膏，同时也可以服用抗真菌的药物进行治疗，比如氟康唑。在用药期间需要在医生的指导下不要自己盲目的用药，以免产生不良的影响。
如果不及时的治疗，就有可能会影响到正常的休息和生活。
真菌性毛囊炎可以外用抗真菌的药治疗，也可以通过调整饮食的方式改善。
如果患上了真菌性毛囊炎，会导致出现全身感染的症状，通常可以通过使用复方酮康唑药物治疗，也可以通过外用米康唑乳膏的方式通过治疗能够达到缓解的效果。如果症状并不是特别的严重，可以调整饮食，尽量减少刺激性食物的摄入，可以多吃一些新鲜的蔬菜和水果。
在日常需要注意皮肤的清洁卫生，避免导致情况加重。
患者有毛囊炎，可以通过药物治疗、远红外线照射等方式进行治疗。
1、药物治疗：毛囊炎是常见的毛囊炎症性皮肤病，患者可遵医嘱使用抗菌药物进行治疗，常用药物有莫匹罗星软膏、夫西地酸乳膏等。
2、远红外线照射：患者有毛囊炎，可通过远红外线照射进行治疗。该方法主要利用热光源所产生的不可见光线，作用于局部，使局部血管扩张、血流加快，促进局部新陈代谢，并加速组织的再生能力，从而提高人体抗感染能力，起到治疗疾病的效果。
毛囊炎局部使用药酊，可以缓解症状减轻疼痛或者肿胀，对消炎消肿也有一定帮助。毛囊炎是很正常的皮肤部位，如日常拉扯毛发、划伤刺激、皮肤损伤等都可能引起细菌感染，细菌感染后很容易出现毛囊炎的症状，及时抗炎治疗毛囊炎可以很好。一般的皮肤炎症性疾病与个人抵抗力也有很密切的关系，平时要注意加强提示，多运动，补充各种维生素，从而增强身体的抵抗力，与皮肤水平相适应。