生殖器疱疹的症状主要是水疱和溃疡，水疱是生殖器疱疹的早期表现，当初发或者复发的时候首先表现为局部的红斑，红斑的基础上出现一些比较亮晶晶的、比较壁薄的、容易破损的水疱，多个堆在一起，相互之间的距离不会太远，而且水疱的大小差不多，一般也就一两个毫米，过几天水疱会破损，破损以后局部会形成表浅的溃疡，溃疡需要等几天的时间才能逐渐愈合，愈合后完全不留痕迹。
不包括长水痘等。生殖器疱疹起初在生殖器部位局部长小红丘疹，部分有烧灼或麻刺痛感，后形成密集成簇生长的小水泡，疱壁薄，疱液清亮，水泡很容易破，形成小的糜烂面，一周左右可自愈，但容易复发。复发的频率根据个人体质、免疫力、生活习惯和生理周期等不同而有差异。不管发作频繁与否，建议需要正规治疗，防止传染，并且从医生这里获取有效的预防知识。
生殖器疱疹的临床表现是，含有流动性液体的大水疱，破裂后会产生疼痛的溃疡，溃疡之后结痂。过程可能会持续好几天。也有的表现为皮肤上有一些小疹子和类似丘疹的小肿块。还有些人有一些其他的症状像小便涩痛。
生殖器疱疹在发病初期患部有烧灼疼痛感，出现水疱和溃疡，生殖器疱疹久治不愈对人的免疫系统有一定的损害，也会给心理带来影响，但是是可以治疗的，治疗生殖疱疹用中医中药科学地进行抗病毒，抗免疫的治疗才能使得治疗不复发。
男性生殖器疱疹的病人所表现出来的症状比女性生殖器疱疹的病人明显。多数是在感染病菌后两天到十天以内，就会出现难以忍受的不舒服的症状。男性生殖器疱疹的症状多数发生在龟头、尿道口、冠状沟、阴茎、阴囊等部位，先有灼热感，然后产生群丘疹，有些是一簇，有些是多簇，然后慢慢的形成水疱。时候如果不及时地治疗，几天之后就会转变成脓疱，破了后形成糜烂患者溃疡。感觉疼痛，两到三周后结痂。
检测病毒抗原：从皮损处取标本，以单克隆抗体直接荧光法或酶联免疫吸附法检测单纯疱疹病毒抗原。细胞学检查：以玻片在疱底作印片，Wright染色或Giemsa染色，显微镜下可见到具特征性的多核巨细胞或核内病毒包涵体。