生殖器疱疹可采用抗病毒治疗，治疗目的是缓解症状，减轻疼痛，缩短病程及防止继发感染等。生殖器疱疹是一种传染性极强的性病，通过性活动传播。从中医定性角度来看，病属于病毒性皮肤病。
不包括长水痘等。生殖器疱疹起初在生殖器部位局部长小红丘疹，部分有烧灼或麻刺痛感，后形成密集成簇生长的小水泡，疱壁薄，疱液清亮，水泡很容易破，形成小的糜烂面，一周左右可自愈，但容易复发。复发的频率根据个人体质、免疫力、生活习惯和生理周期等不同而有差异。不管发作频繁与否，建议需要正规治疗，防止传染，并且从医生这里获取有效的预防知识。
生殖器疱疹是一种传染性极强，复发率极高，临床难治的性传播疾病，虽然是一种顽疾，但并非不治之症。治疗难点在于彻底杀毒，不留后遗症。西药起效比较快，可缓解或改善生殖器疱疹的不适症状。对重度的生殖器疱疹，尤其是反复发作、久治不愈的症状，光吃这些药基本无用。目前通过单纯性服用中药治疗生殖器疱疹较少见，通常仅用于辅助治疗，诸如一些清热解毒的中成药或草药，对临床不适症状的缓解有一定帮助。
得了生殖器疱疹后要杜绝不良性生活，同时性伴侣也要同时治疗，避免交叉染。最主要还是注射增强免疫力的针剂，同时加强锻炼身体。治疗一般要保持疱疹壁完整，清洁与干燥，防止继发。
妊娠合并生殖器疱疹的治疗方法一般有局部用药、全身用药等，具体内容如下：
1.通过局部用药可以保护疱疹的粘膜，使用生理盐水清洗阴道，使其干净、乾净。用甲紫溶液或阿昔洛韦乳膏或乳霜涂抹于病变部位，或使用酞丁安软膏。如果有明显的痛楚，可以在局部应用盐酸利多卡因软膏或口服镇痛药物，也可以将奥平的栓剂放入阴道。
2.全身用药一般建议口服阿昔韦，反复发作者应长期口服。怀孕期间要按照医生的指示服用。阿昔洛韦治出现任何其它不良反应，通常只是暂时降低嗜血因子引起的。
男性生殖器疱疹的病人所表现出来的症状比女性生殖器疱疹的病人明显。多数是在感染病菌后两天到十天以内，就会出现难以忍受的不舒服的症状。男性生殖器疱疹的症状多数发生在龟头、尿道口、冠状沟、阴茎、阴囊等部位，先有灼热感，然后产生群丘疹，有些是一簇，有些是多簇，然后慢慢的形成水疱。时候如果不及时地治疗，几天之后就会转变成脓疱，破了后形成糜烂患者溃疡。感觉疼痛，两到三周后结痂。