生殖器疱疹有效的治疗方法有，局部治疗方法，全身治疗方法，在对发作性生殖器疱疹进行治疗的时候，要配合使用口服药物，只有这样的话，才能真正的控制病情，再搭配一些其他的治疗药物，平时注意护理好生殖器，避免受到二次伤害。
目前主要是一个反复发作的生殖器疱疹问题，这是一个性传播的疾病，主要的感染病原体是疱疹病毒。患者需要注意休息，增强机体的抵抗力，同时需要积极的使用抗病毒的药物比如说阿昔洛韦治疗，这是一个长期的过程，需要定期复查。
在治理的过程当中一般治疗的周期一周就差不多，有个别病人可能需要两周的时间才能愈合，这个病它有非常大的特点就是容易反复发作，很多病人在劳累以后或者喝了酒或者熬了夜以后疱疹就复发了，有很多病人一年复发要超过六次，这种病人他要长期用药，至少要用半年的抗病毒药物。
生殖器疱疹的治疗主要是抗病毒治疗，治疗的主要的目的是缓解症状，减轻疼痛，缩短病程，以及防治一些继发性的感染。要保持局部的干净和卫生保持干燥的一个状态，每天可以用等渗的生理盐水清洗，如果明显疼痛的话，可以口服一些止痛的药物，如果合并细菌感染的话，可以外用抗真菌软膏。平时要注意卫生。
生殖器疱疹是一种传染性极强，复发率极高，临床难治的性传播疾病，虽然是一种顽疾，但并非不治之症。治疗难点在于彻底杀毒，不留后遗症。西药起效比较快，可缓解或改善生殖器疱疹的不适症状。对重度的生殖器疱疹，尤其是反复发作、久治不愈的症状，光吃这些药基本无用。目前通过单纯性服用中药治疗生殖器疱疹较少见，通常仅用于辅助治疗，诸如一些清热解毒的中成药或草药，对临床不适症状的缓解有一定帮助。
生殖器疱疹不管是早期还是晚期，都要及早的治疗，只要在医生正规的治疗下，都是能够治疗好的，只不过晚期比较的难治疗一些。疱疹病毒，如果没有坚持用药，会容易导致复发。治疗后做好日常的护理，注意性生活卫生，保持患处清洁和干燥，也要注意预防感冒、受凉、劳累等。