可能是过性的损伤甲床，从而形成指甲的不平。另外如是缺乏微量元素，缺乏必要的营养物质尤其是蛋白质，严重消耗性的疾病，如严重的肝病、糖尿病等，也可以导致指甲凹凸不平。
如果指甲出现凹凸不平，多见于缺乏维生素或者是微量元素导致的，如果比较厚，应该是真菌感染，颜色改变，俗称灰指甲，一旦确诊灰指甲以后注意局部的清洁卫生，多吃含铁，蛋白质的食物，如木耳，大枣，乌鸡等。再配合中药调理一下体质。
说明你身体是在起伏不定的，指甲是肝肾的反应，指甲是筋之余，筋为肝所主。指甲凸起那一阵子，说明你营养好，肝肾足；指甲凹那一阵子说明你肝肾不足，平时注意节欲就好一些。
脚趾甲是由硬角质蛋白构成，生长需要钙、锌、蛋白质和维生素，这些物质缺乏，指甲生长缺少营养，导致趾甲出现凹凸不平的情况。补充趾甲生长所需维生素和蛋白质，就可以好转或消失。
大拇指指甲凹凸不平，很有可能是甲真菌病，甲真菌病多由手足癣直接传染，易感因素有遗传因素、系统性疾病如糖尿病，局部血液或淋巴液回流障碍，甲外伤或其他的甲病等，甲真菌病主要由皮肤癣菌感染引起，其次为酵母菌和非皮肤癣菌性真菌，皮肤藓菌包括红色毛癣菌、须癣毛癣菌、絮状表皮癣菌，其中红色毛癣菌占首位，酵母菌主要是念珠菌、马拉瑟拉菌，其他真菌包括柱顶孢霉等。
出现手指甲凹凸不平，考虑是缺乏维生素和钙引起的。可以到医院进行微量元素检测，如果确诊是身体缺维生素和钙，可以通过补充钙剂的药物和食物治疗。平时多吃排骨，鱼虾等富含钙剂的食物。也可以血常规及肝肾功能检查看看，排除贫血及肝功能异常。