对于先天性梗阻的原因引起的输精管堵塞，很多时候是由于先天性输精管缺如或闭塞以及先天性附睾发育不良等造成的输精管堵塞，对于这类的输精管堵塞的治疗需要靠输精管再造手术才可以，需要切开畸形的部位，然后用先进的治疗方法恢复输精管通畅。
目前对于输精管阻塞的治疗主要是对因治疗的，也就是说先要找出输精管阻塞的病因，找出病因后先治疗病因，病因治好了以后输精管自然就会通畅了。临床上对于输精管堵塞的治疗最为常见的方法还是手术治疗，其中，输精管吻合术就是一种能有效治疗输精管堵塞且难度较低手术，具有对输精管堵塞的损伤小、治疗时间不长等的优点。
输精管堵塞与睾丸炎也有关系的，也可能是与输精管炎症有关的，需要进一步检查确诊并治疗，不孕不育的病症及病因有多种，需要到专业的男子医疗机构进行检查，根据检查结果进行治疗。
治疗时首先应针对原发病治疗，如抗炎、抗痨、抗肿瘤等，亦可将堵塞处切除后进行断端吻合，个别情况下可直接从附睾处吸取精子进行人工受精。中医认为输精管堵塞是由于瘀血阻塞精道所致。
在治疗输精管堵塞上，还可以采用显微外科精微定点输精管道吻合术来治疗。该技术是采用全层吻合术来进行缝合，不易勒破男性朋友输精管的粘膜。而且线结不会留在吻合口等基层间，能够完全的对合严密，同能够缩短治疗的时间。避免并发症的出现。术后复通的几率高。