前列腺囊肿的治疗上应对症治疗，较小而无症状的囊肿可不必治疗。较大的囊肿或有症状的小囊肿可用手术治疗，途径有经膀胱、膀胱外、经会阴、经直肠等多种，常由于暴露欠佳致手术切除不完全，复发率高、并发症多。
前列腺囊肿可以通过引流的方法进行治疗，这种方法主要适用于脓腔较大脓液较多的时候，还可以通过穿刺的方法进行治疗，这种方法也是将脓液吸干净而达到治疗的效果的，直到全部吸干净为止。
前列腺囊肿自身就是一种常见的疾病，常行B超检查，可见囊肿，前列腺囊肿治或不治，全凭病症，是否有病症是否导致生活和其他问题进行处理。
一般情况下，对于已经患有前列腺囊肿的患者，应该先检查出是否为良性病变，在进行药物或其他方法治疗后，再决定要不要治疗。若为前列腺囊肿较小且无症状者，无排尿困难，亦无尿路感染等，亦不会对精子射精产生影响等，所有这一切均可无需处理，持续观察年行B超检查，检查囊肿是增大还是变化之类即可。
如果在半年内出现尿频，尿急等情况，就要去看医生了，因为这类患者已经到了非进行药物治疗不可的地步。如有排尿困难等，重复尿路感染和导致射精障碍的原因，则需手术治疗。
前列腺囊肿可采取保守治疗和外科手术方法进行治疗。保守治疗可应用中药内服和外用贴敷等方法。外科手术电切，穿刺注射硬化剂等，选择治疗方案应根据囊肿大小，部位，病人年龄而定。对囊肿突向尿道，膀胱者，以内镜电切囊壁为宜；而对于前列腺腺体内及后方的囊肿，可采用超声定位经会阴或直肠穿刺抽液后注入硬化剂，定位要准确，囊肿大小决定进针深度，以针尖位于囊肿中心为佳。
前列腺囊肿可以药物治疗，包括口服或肌肉注射，必要时要补充液体，用来缓解症状。细菌培养结果选择敏感的抗菌素，消灭或抑制病原菌。列腺囊肿可采用局部热疗，简便常用的方法如蜡疗或热水袋置下腹部、会阴部做热敷。