主要病因有：感染因素，冠叛沟及包皮有电灼手术史，激光，造成术后感染，或其他原因导致包皮细菌性感染而形成水肿；过敏因素，包括蚊虫叮咬、涂抹药物或应用避孕药具等；物理因素，包括包皮长期的翻转嵌顿、性生活擦伤、过度洗涤及暴力创伤等。
患包皮水肿的原因有可能是短时间内频率性生活、刺激强度较大或者性生活时间较长；包皮手术之后以及不注意个人卫生导致包皮发炎；吃了辛辣刺激性食物，比如辣椒，海鲜，烧烤，以及蚊虫叮咬有很大关系，属于一种急性的过敏反应。
包皮嵌顿。多见于成年人包皮过长、包皮开口过小，上翻过以后没有及时复位，造成包皮嵌顿，引起包皮水肿。出现这种情况需要及时将包皮回复，如果回复失败，需要到医院进一步处理。
非感染因素也会造成包皮水肿，主要包括局部创伤、摩擦、避孕、肥皂和清洁剂等刺激，局部可表现为水肿性红斑、糜烂、渗液甚至出血，若继发细菌感染可化脓并形成溃疡面。也可能是本身包皮过长，可能还比较紧，平时还好，手淫时剧烈摩擦刺激使局部发生了水肿，次数多了以后，比较紧的包皮逐渐变得松弛了。
非感染因素也会造成包皮水肿，主要包括局部创伤、摩擦、避孕药、肥皂和清洁剂等刺激，局部可表现为水肿性红斑、糜烂、渗液甚至出血，若继发细菌感染可化脓并形成溃疡面。病人疼痛明显，行动不便。