先天性阴茎短小目前仍无治疗方法。后天性的阴茎短小，主要因睾丸痿缩引起。如长其从事超声、微波、放射线、高温等作业的男性，青春期前腮脉炎合并睾丸炎。长期食用粗制棉籽油等，均可引起睾丸痿缩。
出现乳房增大，睾丸阴茎缩小的情况可考虑两方面问题，一个是中枢性一个是外周性，如为垂体病变可导致雄性激素分泌减少导致第二性征减退出现目前症状，也可能为睾丸本体出现异常，分泌雄性激素不足导致男性体征逐渐消失，根据这两方进行检查，基本可确定病因。
特发性小阴茎，原因至今不明。男性出现阴茎短小跟睾丸健康也有关系，平时大家需要注意一些睾丸疾病的出现。而且要注意全面的进行调节身体，避免造成自身健康受到影响，=有效增强身体素质，避免造成更多困扰。
引起阴茎短小的原因主要是阴茎先天性的发育不良，包括包茎，隐匿性阴茎。也有可能是由于海绵体的病变导致海绵体萎缩，海绵体硬化，出现阴茎短小。多见于阴茎外伤，或者是高血压糖尿病。
诊断与鉴别诊断要点常态下阴茎长度小于3cm，横径小于9cm，或小于正常男性阴茎平均长度，很难有正常的性生活或不能站立性排尿，男性第二性征发育不全，或伴有其他生殖器官畸形。
