性功能障碍是神经损伤、内分泌失调等原因引起的。
神经性勃起功能失调，这是因为主宰阴茎勃起的神经受损所引起的，我们把它叫做神经性勃起功能紊乱。比如前列腺癌，或者是直肠癌，做了手术，切除了前列腺，切除了直肠癌，控制阴茎勃起的神经，就在这两个器官的边缘，如果损伤了神经，就不能再勃起了。另外和还可能是男性的雄性荷尔蒙分泌不足，导致睾丸机能下降而导致的勃起功能紊乱。
在临床上，引起性功能障碍的原因有：
第一点，就是生理上的问题，当人类变老时，性机能就会慢慢衰退。
第二，是心理上的原因，此外，也存在着一定的心理和心理问题，比如说患者在做爱的过程中会很紧张，也会因为之前的性爱失败而产生不正常的行为。还有一些性机能失调，这也许是因为宗教的文化观念造成的。
第三，也有可能是由于肥胖症引起的，患有糖尿病的患者，可能会引起性功能障碍。
性功能障碍的病因很多，有的患者受某种信仰观念的影响，会使患者对性生活产生反感，从而造成性功能障碍，还有的患者也会有器质性的疾病，例如糖尿病患者，睾丸发育不良等。
有些患者会有雄性激素和雄性激素的分泌不正常，从而引起性功能的紊乱。还有一部分患者由于精神上的问题，例如第一次发生性生活，精神上的紧张，没有足够的性经历，没有足够的性技能，会造成某些不正确的性欲，最终造成患者的性欲失调。对于这种情况，要想有效的解决，首先要解决的就是这些原因。
男性性功能障碍可能由遗传、健康状况、激素水平、年龄、疾病（包括慢性病、神经精神系统疾患、内分泌疾病、生殖器官病变）等多种原因所引起。药物、长期大量酗酒或吸毒者，也会出现性功能障碍。精神心理因素对性功能的影响比较突出，包括错误的性观念、过去性经历的影响、环境因素、人际关系紧张等。
男性性功能障碍的发病原因一是先天的遗传因素，如直接血管发育不良、阴茎海绵体发育不良、阴茎本身解剖异常等，以及先天睾丸没有发育、阴茎短小、雄激素水平几乎没有等，二是心理因素，如来自于各方面的压力或幼年受到刺激，以及性爱双方互相猜疑、不信任、恐惧性生活的失败等，都可能导致男性性功能障碍。
性功能障碍引起的原因有自身长期的精神压力，焦虑，包皮过长，包皮龟头长期炎症刺激，龟头敏感性增强等。身体素质下降内分泌失调也会引起性功能障碍。心脑血管疾病也会导致病人出现性功能障碍。