肉芽肿性前列腺炎发病与局部强烈的异物反应有关。前列腺导管阻塞是首要因素，原因包括细菌感染引发的炎症过程或外科创伤造成的组织坏死，前列腺增生也可能造成或加重前列腺导管的梗阻。感染和炎症破坏导管和腺体上皮，细胞碎片、细菌毒素和前列腺分泌物进入组织间隙，成为基质内异物，激发肉芽肿性炎症反应。
肉芽肿性前列腺炎是一种非特异性的、多种组织模式的炎症。与局部强烈的异物反应有关。引起的首要因素是前列腺导管阻塞，包括细菌感染引发的炎症过程或外科创伤造成的组织坏死，前列腺增生也造成或加重前列腺导管的梗阻。
肉芽肿性前列腺炎主要是以下原因引起的：
1、泌尿道反复感染：泌尿道反复感染，造成炎症反应，造成导管阻塞。床上，约70%的患者都有过泌尿系统的感染。
2、医源性泌尿系统损害：前列腺炎多发生于术后半年，经尿道部分切除、前列腺穿刺活检、膀胱肿、卡介苗灌流等。
3有明显的全身症状，常见的致病微生物有真菌、结核杆菌、布氏克鲁斯菌、梅毒螺旋体等。
4、系统性疾病：全身性肉芽肿病的病人，身体的各个器官都会出现肉芽肿性结节，一旦上皮细胞受损，就会有细菌毒素和前列腺分泌物进入人体，从而引发前列腺炎症，从而形成肉芽肿性结节。
独身或长期禁欲者，前列腺分泌液大量积聚，性生活时经常中断性交，强行压抑不射精。使分泌物淤积和充血。大量饮酒，吃酸辣等刺激性食物，可使盆腔和前列腺充血。受潮、受凉、长期坐位，感冒等，都可引起前列腺充血。
肉芽肿性前列腺炎的发病与局部强烈的异物反应有关。前列腺导管阻塞是首要因素，包括细菌感染引发的炎症过程，或外科创伤造成的组织坏死，前列腺增生，也可能造成或加重前列腺导管的梗阻。
非特异性占70%，常继发于近期的尿路感染，特异性占3%。病原微生物包括细菌、结核菌、布氏杆菌、梅毒螺旋体、病毒及真菌等。其中膀胱肿瘤电切术后灌注卡介苗并发肉芽肿性前列腺炎受到广泛重视，作为膀胱灌注卡介苗的并发症其发病率为0.9%～1.3%，仅次于膀胱炎和发热的发病率。