精子畸形的治疗方法有，由生殖道感染引起者，可进行抗炎治疗，由内分泌异常所致者，则给予内分泌功能调整。治疗高畸形率精子症所致不育症应根据引起畸形精子的原因，消除不利因素，针对病因进行治疗。
升精子质量、改善精子畸形需要补充蛋白锌、蛋白硒和蛋白质这三个物质。服用三个月的口嚼片来补充蛋白锌、蛋白硒和蛋白质，蛋白锌蛋白硒可以提高精子活力和精子质量，而蛋白质辅助配合能够促进精子生成，增强男性免疫力。三个月再去当地正规医院做检查，以及康复护理工作。
泌尿生殖道感染、腮腺炎并发的睾丸炎、附睾结核、精索静脉曲张、使用激素或某些化学药物、生殖腺受到放射线照射，可引起精子的突变、阴囊局部长期高热、长期酗酒，要进一步的针对病因做详细检查，积极结合病因接受药物治疗。生活上注意避免久坐，多喝水，坚持锻炼身体，穿衣要宽松舒适，戒烟酒，避免劳累等。
预防精子畸形男性应该有一个好的生活习惯和饮食规律，男性平时不要经常的吸烟和酗酒，这样对健康是不好的，可能会导致精子畸形的产生，平时应该早睡早起，不要经常熬夜，预防精子畸形的产生。
精子畸形率高，应该检查引起精子畸形的原因，根据病因进行系统的治疗，只要有信心就能完全治疗，建议平时养成规律的生活习惯，不要经常熬夜，远离各种辐射环境，这样可以防止畸形精子的发生。