治疗原则是病因治疗及对症处理。如果是药物引起者要赶紧停止服药，精索静脉曲张者可运用高位结扎术，有生殖道感染者可以用抗感染治疗有前列腺炎，也会导致精子质量下降，需要服用一些治疗前列腺炎的药物。
精子畸形要看是什么数量的，数量较少不影响发育就没治疗的必要了，而且精子畸形不能单独治疗的，都是根据很多因素有关的，要综合看精液常规化验的结果来确定要治疗哪些项目，做到对症下药。
精子异常、弱精、死精症有多方面的原因造成的。必须检清楚原因，否则很难治疗。有的是关于精神方面的关系，有的是关于家庭方面的关系，多种原因。首先在做爱的时候要保持一种乐观、高兴的心态，不能有什么事放在心里从而影响做爱的效果。平时要注意休息，多喝热水。
如男性是因为殖道出现了感染，而导致精子出现畸形，那么此时男性应该进行抗感染治疗，如是因为男性的内分泌出现了异常，导致自己出现畸形精子，那么此时应该尽量的调整自身的内分泌功能。
精子畸形大部分是因为精索静脉曲张、前列腺炎症、生殖道感染导致。多吃绿色蔬菜。绿色蔬菜中含有维生素C、维生素E、锌、硒等利于精子成长的成分。坚果、鱼类中富含欧米茄三脂肪酸，也应多吃，利于提高精子质量。
是因为殖道出现了感染，而导致精子出现畸形，那么此时男性应该进行抗炎治疗，如果是因为男性的内分泌出现了异常，导致自己出现畸形精子，那么此时应该尽量的调整自身的内分泌功能。