保守治疗，选择敏感有效的抗生素，有助于将脓肿控制，消灭在早期阶段；穿刺疗法，可以采取B超引导下肾囊肿穿刺的方法，穿刺将囊肿的液体完全抽出，然后注于药物，从而使囊壁不再分泌一些液体。
中药治疗，中医治疗肾囊肿的效果很好，目前在中医治疗方面采用保守治疗，尤其以微化中药渗透疗法效果显著，该疗法的中药活性物质促使囊壁上的血液循环与通透性发生质的改变，从而使得囊内液不断回收，不断减少，直至不再分泌。一般治疗，对于肾囊肿的治疗，一定要选择正确的治疗方法，对症治疗。一般情况下，病人检查出多囊肾后，首先要保持乐观的心态，如果尚未对病人正常生活造成影响的，平时需注意不要或少吃过咸、辣等刺激性的食物，作息时间要规律，情绪要平稳乐观。在治疗肾囊肿的过程中，一定要多加注意，及早发现，及早治疗，越早越好，否则、任其发展到肾功能衰竭尿毒症，为时已晚。
肾脓肿输液能否治好，需要根据肾脓肿的大小，肾脓肿的严重程度来判断。
如果是早期的肾脓肿，可以用点滴和抗生素来治疗，这样的小脓肿，在经过一段时间的疗程之后，就可以彻底的治愈了。如果是脓肿的面积较大，或者是比较严重的话，一般不能用输液来治愈，很多患者都要做一些外科手术，比如穿刺引流，严重的话，会导致肾功能受到严重的损伤，甚至可以选择做肾切除的手术，因此，肾脓肿的治疗要看患者的病情轻重。
中医治疗，采用微化中药渗透疗法，该疗法的中药活性物质促使囊壁上的血液循环与通透性发生质的改变，从而使得囊内液不断回收，不断减少，直至不再分泌；穿刺治疗，主要是在B超的引导下进行一个穿刺把囊液抽掉，用无水酒精来处理囊壁。另外可以做腹腔镜微创的肾囊肿的去顶，切掉大部分囊壁，抽掉囊液。
肾脓肿多和细菌感染有关的，如果是普通的细菌感染，则属于比较容易治好的，如果是结核分枝杆菌所致的改变，则治疗比较困难的，疗程通常要半年以上的，这种疾病的治疗，应该先判断感染的病原体，然后选择合适的药物治疗的，多需要配合做引流治疗的，治疗后，多不会复发的。
