造成精子畸形的原因有：酗酒、吸烟会导致精子畸形；泌尿生殖系统感染，是造成精子畸形的一个主要的原因；内分泌紊乱；化学制剂、环境污染以及辐射等因素，都很可能会造成精子畸形的发生。
引起畸形精子的原因比较多。比如泌尿生殖道的感染、腮腺炎并发的睾丸炎、附睾炎等；使用激素或某些化学药物；生殖腺长期受到放射线照射；阴囊局部长期高热；长期酗酒等。
导致精子畸形率高的原因：酗酒、吸烟会导致精子畸形、泌尿生殖系统感染，是造成精子畸形的一个主要的原因，内分泌紊乱，化学制剂、环境污染以及辐射等因素，都很可能会造成精子畸形的发生。在日常生活中要保持一个良好健康的生活习惯，多吃新鲜蔬菜和水果，平时避免烟酒的刺激，要多运动，多锻炼。
引起畸形精子的原因还是挺多的，例如生殖道感染，精道部分阻塞，先天畸形，原发性睾丸功能不全，免疫因素，抗体，有毒化学物质，电离辐射，空气水环境污染，长期穿紧身裤子，桑拿浴等，还有，男性体内性激素的分泌，而且对精子还有直接杀伤能力。
男性精子畸形常见的有内因和外因两种，内因如睾丸疾病，损伤，内分泌因素，免疫、遗传因素及泌尿生殖系感染等，外因包括一些环境、服用某些药物等多种因素均可导致精子畸形率增高。