可以进行b超或者ct引导下穿刺引流，将脓液引流的同时再使用抗生素类的药物，可以达到良好的治疗效果。全身治疗，患者要卧床休息，输液，多饮水，维持每日尿量达1.5L以上，有利于炎症产物排出。
中医治疗，注重扶正固本，理气活血，标本兼顾，效果稳定，副作用少；对症治疗，应用碱性类的药物，可降低酸性尿液对膀胱的刺激，抑制平滑肌细胞类的药物，可解除膀胱痉挛和缓解刺激症状。
对于比较严重的肾囊肿患者，那这是可以采取手术治疗，不过需要注意的是手术治疗，这只是适用于单侧肾囊肿患者，一般情况下单肾囊肿，可以在引导下做穿刺抽吸并向囊中，内注射药物即可治疗。只有在必要时才做手术切除的，毕竟囊肿损害肾脏的情形罕见。一般情况下饮食作为一种辅助治疗的手段，效果是比较好的，但是针对不同的患者，饮食一定是要合理的选择，宜食含优质蛋白质高的食物，注意高纤维、高维素食物的补充及低脂肪，适当的糖饮食。避免辛辣、过咸、油腻、煎炸及不卫生饮食等，遵医诊治并做好复诊。
介入治疗，是在超声引导下，用细针经腹壁直接穿刺到病变组织内，注入药液使病变组织在原位灭活、萎缩、纤维化的治疗方法。腹腔镜肾囊肿去顶减压治疗，分为腹腔入路和后腹腔入路，创伤小，恢复快，减压彻底。
对症治疗，应用碱性类的药物，可降低酸性尿液对膀胱的刺激，抑制平滑肌细胞类的药物，可解除膀胱痉挛和缓解刺激症状。肾囊肿的介入治疗，是在超声引导下，用细针经腹壁直接穿刺到病变组织内，注入药液使病变组织在原位灭活、萎缩、纤维化的治疗方法。
对症治疗，发烧给予退烧药，有膀胱刺激症状的，可采用碱性类药物，降低酸性尿液对膀胱的刺激，解除膀胱痉挛。手术治疗，抗生素治疗无效或直径3-5cm的脓肿应在B超引导下穿刺引流，直径较大的脓肿应考虑切开引流。