手术治疗，抗生素治疗无效或直径3-5cm的脓肿应在B超引导下穿刺引流，直径较大的脓肿应考虑切开引流。对症治疗，发烧给予退烧药，有膀胱刺激症状的，可采用碱性类药物，降低酸性尿液对膀胱的刺激，解除膀胱痉挛。
中医治疗，采用微化中药渗透疗法，该疗法的中药活性物质促使囊壁上的血液循环与通透性发生质的改变，从而使得囊内液不断回收，不断减少，直至不再分泌；肾囊肿的介入治疗，是在超声引导下，用细针经腹壁直接穿刺到病变组织内，注入药液使病变组织在原位灭活、萎缩、纤维化的治疗方法。
手术治疗，囊肿去顶减压术，此手术减轻了囊肿对肾实质的压迫，保护了大多数剩余肾单位免遭挤压和进一步损害，部分肾功能单位得到恢复；介入治疗，是在超声引导下，用细针经腹壁直接穿刺到病变组织内，注入药液使病变组织在原位灭活、萎缩、纤维化的治疗方法。
在治疗肾脓肿小的时候，需要根据病情决定治疗的方法，比如可以选择保守治疗的，比如进行敏感的抗生素进行治疗，主要是适合在早期，是可以达到根治的，如果病情比较严重，或者是患者对药物产生耐药性，可以选择跟医生做进一步的沟通治疗。同时在用药期间也要注意个人的作息时间，避免熬夜，同时饮食上也要以清淡为主，帮助病情恢复。
对症治疗，发烧给予退烧药，有膀胱刺激症状的，可采用碱性类药物，降低酸性尿液对膀胱的刺激，解除膀胱痉挛。手术治疗，抗生素治疗无效或直径3-5cm的脓肿应在B超引导下穿刺引流，直径较大的脓肿应考虑切开引流。
肾脓肿需要去泌尿外科进行药物的对症处理，如果使用了敏感的、高效的药物，可以在一个星期内缓慢的消失，从而得到完全的治愈。
积极治疗一星期以后，抗生素的应用依然没有任何作用，脓肿没有消失，也没有继续扩张，蔓延，会引起发烧，寒战等症状，这是因为保守疗法不管用，需要更换抗生素，还要做B超和CT引导下的抽吸引流，这样才能将脓液从脓腔内排出，并且在初期应用一些抗生素。
