治疗如单纯用一般抗炎疗法，效果常不理想，故多主张采取用抗生素离子局部透入及精囊封闭疗法。对局部症状严重，而又久治不愈者，可考虑切除。若伴发前列腺炎、精囊炎应同时治疗。
慢性附睾炎应根据细菌培养及药敏试验选择药物。局部热敷或理疗，以促进炎症消退。对于反复发作的慢性附睾炎，可考虑附睾切除或输精管结扎，平时应该吃一些抗菌消炎的食物和吃清热解毒的食物，还有能增强免疫力的食物。
男性附睾炎不至于发展成为癌症，但是会引起前列腺、尿道等泌尿系统器官和精囊等生殖器官。还会引起继发性鞘膜积液等。可以应用敏感抗菌药物，局部给予热敷，理疗等、男性附睾炎会引起男性不育，可以到医院就诊，查明病因针对性治疗。
慢性附睾炎单纯应用药物效果不一定理想。除应用有效广谱抗生素外，局部热敷等物理治疗也是很有必要的。也可以采用附睾局部应用新霉素等离子透入治疗。若有慢性前列腺炎，必须同时进行治疗。反复发作来源于慢性前列腺炎的附睾炎，可考虑结扎输精管后再进行治疗。对于多次反复发作者，也可考虑做附睾切除术。
慢性附睾炎不一定会影响生育。附睾的炎症会影响精子活跃度。但是，只要不影响精子的质量和数量，就不是大问题，慢性化脓性附睾炎治好后要注意避免长时间坐着，特别是在软沙发上坐很长时间，慢性附睾炎治疗后应每天注意护理。要注意多喝水，多吃蔬菜，要保护好。有规律的排便和慢性附睾炎。
