特发性小阴茎，原因至今不明。男性出现阴茎短小跟睾丸健康也有关系，平时大家需要注意一些睾丸疾病的出现。而且要注意全面的进行调节身体，避免造成自身健康受到影响，=有效增强身体素质，避免造成更多困扰。
阴茎短小根本的原因是遗传基因的影响。另外包皮过长会阻碍阴茎的发育。后天性的阴茎短小，主要是因睾丸萎缩引起，青少年发育期间摄入的锌原素、雄性激素、维生素E和相关蛋白营养不足，缺乏后天能量补充，起不到壮大性器官的作用。
引起阴茎短小的原因主要是阴茎先天性的发育不良，包括包茎，隐匿性阴茎。也有可能是由于海绵体的病变导致海绵体萎缩，海绵体硬化，出现阴茎短小。多见于阴茎外伤，或者是高血压糖尿病。
这属于假性隐匿性阴茎，有可能是先天发育异常造成的，也有可能是孩子肥胖等原因造成的。对于家孩子，是不需要进行治疗的，如果青春期后还有隐匿性阴茎的症状，可以手术进行治疗，家孩子要合理喂养，适当的补充维生素d。
先天性阴茎短小目前仍无治疗方法。后天性的阴茎短小，主要因睾丸痿缩引起。如长其从事超声、微波、放射线、高温等作业的男性，青春期前腮脉炎合并睾丸炎。长期食用粗制棉籽油等，均可引起睾丸痿缩。