引起阴茎肉粒的原因有可能是生殖器不洁或包茎引起的珍珠疹，阴茎珍珠疹，男性龟头缘，为同色或白色，均匀排列的小颗粒丘疹，无炎症，无任何自觉不适。可以用现在的物理科学技术治疗，对人体没有伤害，不会影响以后的生活、家庭等方面的问题，治疗后可以结合中药的调节。
由于龟头的慢性炎症引起的，和包皮过长，包茎有一定的关系。青春发育后的男性，是完全正常的现象，不需治疗，不必恐慌，可以龟头涂抹一些抗感染的药膏对症治疗缓解症状。如果存在包皮过长尽快做包皮环切手术。
阴茎肉粒可能是尖锐湿疣，尖锐湿疣是由人类乳头瘤病毒感染引起的好发于生殖器或周边的性传播疾病。个体小可用物理疗法治疗，而体表尚有少量疣体残存时，可再用外用药物治疗，也可系统治疗。
生活不规律，如果生活节奏严重的规律，就会出现肠胃不好、睡眠不足、便秘等情况，极容易导致的皮肤产生肉粒疣，不利于身体健康，全面了解该病的引发病因，比如内分泌失调，当人体的内分泌产生失调之后，极容易导致皮肤出现疙瘩、痘痘等情况，形成了明显的肉粒疣。
阴茎上长小肉粒可能是尖锐湿疣的症状表现。尖锐湿疣主要是由人类乳头瘤病毒主要感染在生殖器部位发生增生物的疾病。在疾病的早期症状为柔软的淡红色小丘疹，为肉质赘生物，可逐渐增大，表面颗粒状增殖而粗糙不平，或互相融合呈菜花状。平时注个人卫生。