引起肾结石的原因很多，最常见的是由于饮食的原因，包括喜欢吃些豆制品，动物内脏，海鲜，喝水比较少，排尿比较少，都容易引起结石，尿路感染反复也容易引起结石。出现肾结石不要太紧张焦虑，小1cm的结石可以通过口服相关药物，促进结石得排出。
肾结石的形成病因至今尚不清楚，可能与遗传，体质，基因以及病人的生活环境，饮食习惯有关。
理论因为是体内肾盏形成斑块，所以尿中的钙离子、草酸根离子含量过多、过饱和而被吸收到尿中形成草酸钙结晶并粘附于斑块表面。最后因尿液中沉渣结晶、长时间粘附而引起体积不断增大，于是就形成了结石，于肾盏中称肾盏结石、于肾盂中称肾盂结石、合称肾结石、多为肾结石的理化成因。
肾结石的形成包括年龄，性别，饮食，生活习惯等，大致可以分为三个原因，第一个原因就是尿液中成分发生改变，比如尿中草酸的含量，钙质增加导致肾结石的发生，再一个，就是一些药可以导致肾结石的发生，比如磺胺类，激素类药物等，可以促进肾结石的形成，再有的就是一些先天性的因素，比如肾盂输尿管连接部狭窄等，先天畸形导致尿流不畅，也可以导致肾结石的发生。另外泌尿系感染可以促进结石形成。
肾结石多半与自身饮食习惯有关系，如过多食用油腻的食物，过多食用豆类的食物，同时饮水量较少，运动量较少有关系，也是诱发肾结石的原因。有肾结石要清淡饮食，按时休息。
一般情况下，影响结石形成的因素有很多，年龄、性别、种族、遗传、环境、饮食习惯、职业等因素，以及代谢异常、尿路梗阻感染、异物、药物等因素都会导致结石形成。重视并解决这些问题，可以减少结石的形成和复发。还有就是形成尿结石的物质，比如痛风患者尿酸排出增多，就会形成尿酸结石。尿量减少会增加盐、有机物质浓度，也容易形成结石。