药物治疗，主要是使用抗生素药物，对于肾囊肿染病病因进行用药，控制症状；囊肿去顶减压术，减轻了囊肿对肾实质的压迫，使肾缺血状况有所改善，部分肾功能单位得到恢复。
对症治疗，发烧给予退烧药，有膀胱刺激症状的，可采用碱性类药物，降低酸性尿液对膀胱的刺激，解除膀胱痉挛。超声穿刺治疗，利用超声引导，准确定位，抽洗完脓液，再注入药物，可以避免手术创伤给患者带来的痛苦，缩短病程。
手术治疗，抗生素治疗无效或直径3-5cm的脓肿应在B超引导下穿刺引流，直径较大的脓肿应考虑切开引流。对症治疗，发烧给予退烧药，有膀胱刺激症状的，可采用碱性类药物，降低酸性尿液对膀胱的刺激，解除膀胱痉挛。
中药治疗，中医治疗肾囊肿的效果很好，目前在中医治疗方面采用保守治疗，尤其以微化中药渗透疗法效果显著，该疗法的中药活性物质促使囊壁上的血液循环与通透性发生质的改变，从而使得囊内液不断回收，不断减少，直至不再分泌。一般治疗，对于肾囊肿的治疗，一定要选择正确的治疗方法，对症治疗。一般情况下，病人检查出多囊肾后，首先要保持乐观的心态，如果尚未对病人正常生活造成影响的，平时需注意不要或少吃过咸、辣等刺激性的食物，作息时间要规律，情绪要平稳乐观。在治疗肾囊肿的过程中，一定要多加注意，及早发现，及早治疗，越早越好，否则、任其发展到肾功能衰竭尿毒症，为时已晚。
中医治疗，采用微化中药渗透疗法，该疗法的中药活性物质促使囊壁上的血液循环与通透性发生质的改变，从而使得囊内液不断回收，不断减少，直至不再分泌；穿刺治疗，主要是在B超的引导下进行一个穿刺把囊液抽掉，用无水酒精来处理囊壁。另外可以做腹腔镜微创的肾囊肿的去顶，切掉大部分囊壁，抽掉囊液。