新生儿隐睾病因并不是很明确。
在胎儿期，睾丸会从腹膜后面慢慢地向下，到了胚胎晚期，睾丸就会下降到阴囊里。隐睾的病因并不是很明确，一般认为是由于睾丸引带丢失或者是发育异常引起的。睾丸引带是引起睾丸下移的重要原因。睾丸下移是由荷尔蒙引起的，由于睾丸自身发育不全，对垂体分泌的促性腺激素反应不灵敏，导致下移缓慢。
隐睾是指睾丸不位于阴囊内部，一般需要通过B超检查才能诊断。1岁以下儿童隐睾仍有自然睾丸下降的可能性，不能治疗。一岁以上儿童如果睾丸未下降，可以尝试治疗绒毛膜促性腺刺激。对于经绒毛膜促性腺激素治疗后不能下降到阴囊的儿童，应尽快到医院进行睾丸固定。
隐睾是一种先天的畸形，是先天发育的时候，由于睾丸无法正常下降进入阴囊所引起的。长期男的隐睾，会发生生精功能障碍，而且随年龄增大而更加明显，造成生育力下降甚至不育。
如精索血管过短、睾丸引带或腹股沟管发育不良、睾丸和腹膜后组织粘连、提睾肌变异等阻碍睾丸下降。常引起单侧睾丸下降不全。如果母体绒毛膜促性腺激素不足或睾丸本身有缺陷而对该激素不发生反应，常常引起双侧睾丸下降不全。
隐睾的主要原因是先天性睾丸发育不全，体内激素水平缺乏等导致睾丸下降异常。睾丸先天性发育不全，可能跟体内的染色体、遗传有一定的关系，小孩在胚胎的时候，睾丸是在腹腔里面发育的，随着生长发育，一般在出生的时候，睾丸可以下降到阴囊里面。由于生长发育异常，可以导致睾丸不能及时下降，从而出现隐睾的现象。另外，母体如果睾酮分泌减少，有可能因为激素减少，而出现隐睾。