肾脓肿采用以下的治疗方法比较好：进行抗生素静脉输注，有望将肾脓肿进行局部吸收，如果在使用抗生素的情况下，脓肿仍然扩大，并没有被吸收，可以B超或者ct引导下脓肿穿刺引流以及手术切开引流。肾囊肿的治疗方法应用腹腔镜进行手术，仅需在腰部打三个小孔，建立腔镜通道，用腔镜进行手术，具有创伤小、术后恢复快等优点，术后第二天就可下地活动，近年已成为肾囊肿的首选手术方式。
中药治疗，中医治疗肾囊肿的效果很好，目前在中医治疗方面采用保守治疗，尤其以微化中药渗透疗法效果显著，该疗法的中药活性物质促使囊壁上的血液循环与通透性发生质的改变，从而使得囊内液不断回收，不断减少，直至不再分泌。一般治疗，对于肾囊肿的治疗，一定要选择正确的治疗方法，对症治疗。一般情况下，病人检查出多囊肾后，首先要保持乐观的心态，如果尚未对病人正常生活造成影响的，平时需注意不要或少吃过咸、辣等刺激性的食物，作息时间要规律，情绪要平稳乐观。在治疗肾囊肿的过程中，一定要多加注意，及早发现，及早治疗，越早越好，否则、任其发展到肾功能衰竭尿毒症，为时已晚。
中医治疗，采用微化中药渗透疗法，该疗法的中药活性物质促使囊壁上的血液循环与通透性发生质的改变，从而使得囊内液不断回收，不断减少，直至不再分泌；穿刺治疗，主要是在B超的引导下进行一个穿刺把囊液抽掉，用无水酒精来处理囊壁。另外可以做腹腔镜微创的肾囊肿的去顶，切掉大部分囊壁，抽掉囊液。
患上了可用抗生素治疗，对于肺脓肿要做到早期，有效和彻底地给予抗生素类的药物的治疗；介入治疗，是在超声引导下，用细针经腹壁直接穿刺到病变组织内，注入药液使病变组织在原位灭活、萎缩、纤维化的治疗方法。
药物治疗，主要是使用抗生素药物，对于肾囊肿染病病因进行用药，控制症状；囊肿去顶减压术，减轻了囊肿对肾实质的压迫，使肾缺血状况有所改善，部分肾功能单位得到恢复。