治疗的方法有一种治疗方法是做腹腔镜微创手术，将肾囊肿去顶减压。还有一种治疗方法是在超声下穿刺到囊肿将水抽掉，再注射无水酒精等，可治疗一些年纪大的、心肺功能不好的患者，因其囊肿壁没有破坏，是穿了针再拔掉，所以有时没有完全彻底。
保守治疗，选择敏感有效的抗生素，有助于将脓肿控制，消灭在早期阶段；手术治疗，一般可采用囊肿去顶减压术，此手术减轻了囊肿对肾实质的压迫，部分肾功能单位得到恢复，延缓了疾病的发展。
中药渗透的中医疗法，该疗法的中药活性物质促使囊壁上的血液循环与通透性发生质的改变，使得囊直至不再分泌；手术治疗，可以减轻囊肿对肾脏的压迫，恢复肾功能，避免进一步的损伤。
穿刺治疗，主要是在B超的引导下进行一个穿刺把囊液抽掉，用无水酒精来处理囊壁。另外可以做腹腔镜微创的肾囊肿的去顶，它切掉大部分囊壁，抽掉囊液。手术治疗，一般可采用囊肿去顶减压术，此手术减轻了囊肿对肾实质的压迫，保护了大多数剩余肾单位免遭挤压和进一步损害，使肾缺血状况有所改善，部分肾功能单位得到恢复，延缓了疾病的发展。
肾脓肿采用下面的方法治疗比较好：首先进行抗生素静脉输注，有望将肾脓肿进行局部吸收，如果在使用抗生素的情况下，脓肿仍然扩大，并没有被吸收，可以B超或者ct引导下脓肿穿刺引流以及手术切开引流。还可以中医治疗。熟地6—9克，姜制杜仲6克，炒山药6克，枸杞6克，制附子3—9克，炙甘草3—6克，肉桂3—6克，山茱萸3克。将上述药材置于锅中，加水400毫升，文火煎煮至250毫升。取汁，空腹温服。
可以进行b超或者ct引导下穿刺引流，将脓液引流的同时再使用抗生素类的药物，可以达到良好的治疗效果。全身治疗，患者要卧床休息，输液，多饮水，维持每日尿量达1.5L以上，有利于炎症产物排出。