引起阴茎短小的原因主要是阴茎先天性的发育不良，包括包茎，隐匿性阴茎。也有可能是由于海绵体的病变导致海绵体萎缩，海绵体硬化，出现阴茎短小。多见于阴茎外伤，或者是高血压糖尿病。
阴茎短小考虑是发育问题。不同人种阴茎的发育是不一样的，阴茎的大小也不一样。需要关注勃起的状态，而不是静息长度。中国人阴茎长度约为6-7公分，直到10公分，这是静息状态。6公分可以接受，没有问题，不影响生活。发育原因导致阴茎短小，从一开始就发育不良，是激素刺激不够或者激素刺激的时机不对，最终造成阴茎比较短小。增大阴茎的办法就是通过延长手术。
阴茎短小根本的原因是遗传基因的影响。另外包皮过长会阻碍阴茎的发育。后天性的阴茎短小，主要是因睾丸萎缩引起，青少年发育期间摄入的锌原素、雄性激素、维生素E和相关蛋白营养不足，缺乏后天能量补充，起不到壮大性器官的作用。
根据孩子的症状，应该属于假性隐匿性阴茎，有可能是先天发育异常造成的，也有可能是孩子肥胖等原因造成的。对于孩子现在的情况，是不需要进行治疗的，如果青春期后还有隐匿性阴茎的症状，可以手术进行治疗，你家孩子要合理喂养，适当的补充维生素D。
一般情况下，引起阴茎短小的原因主要是先天性的发育不良，包括包茎、隐匿性阴茎。也有可能是由于海绵体的病变导致海绵体萎缩，海绵体硬化，出现阴茎短小。这种情况多见于阴茎外伤，或者是高血压糖尿病的患者。如果是隐匿性阴茎和包颈，可以通过做手术治疗使阴茎增大增长的。如果存在海绵体萎缩的情况，通过阴茎血流多普勒的检查可以明确诊断，然后口服11酸睾酮胶囊，红景天胶囊促进海绵体的生长，可以使阴茎增大。
先天性阴茎短小目前仍无治疗方法。后天性的阴茎短小，主要因睾丸痿缩引起。如长其从事超声、微波、放射线、高温等作业的男性，青春期前腮脉炎合并睾丸炎。长期食用粗制棉籽油等，均可引起睾丸痿缩。