前列腺囊肿的病因有炎症性囊肿：系前列腺慢性炎症引起结缔组织增生，导致前列腺导管狭窄、分泌物潴留形成囊肿。寄生虫性囊肿：由寄生虫引起，如包虫能使前列腺管及周围发生慢性炎症；或由肉芽增生，逐渐形成囊肿。
一般前列腺囊肿是前列腺体在胚胎发育期内受到障碍，前列腺基质导致腺泡不完全或间断性梗阻等所致，前列腺囊肿有先天性囊肿和后天性囊肿之分，而先天性囊肿又有两种情况，一种是前列腺的囊上发生的囊肿，称前列腺囊肿，另一种为前列腺本身存在的先天性囊肿，前者较后者多见。
囊由于寄生虫引起，如包虫能使前列腺管及四周发生慢性炎症，或由肉芽增生，逐渐形成囊肿。前列腺囊肿是由于前列腺腺体先天性或后天性原因而发生囊样改变。其病因为前列腺腺体在胚胎发育期内受到障碍，前列腺基质导致腺泡不完全或间断性梗阻等所致。
引起前列腺囊肿，有先天也有后天。先天因素就是在胚胎发育时期，前列腺腺体的腺管狭窄，造成堵塞，从而引起前列腺囊肿。后天因素主要是不良的生活习惯和饮食习惯，频繁的性生活、手淫、不注意下体清洁卫生以及喜欢吃油腻辛辣的食物。
不良的生活习惯：常见的有喜欢吃辛辣食物，吸烟喝酒，经常手淫等，这会导致前列腺反复的充血。真性前列腺囊肿：前列腺腺体在胚胎发育期内受到障碍，引起前列腺导管狭窄，造成阻塞，内容物逐渐潴留而形成，故属于潴留性前列腺囊肿。