这是受遗传因素的影响，真性阴茎短小大多都是先天性的，少数一部分为后天性的。在医学上，先天性的睾丸发育不全症又称为克氏综合症。男性朋友的身材高大而阴茎却短小。激素水平不足也会导致阴茎短小。
疾病因素：近些年来，由于饮食或不良习惯等原因，使得男性隐私部位患病的几率在不断增加，如隐睾、睾丸炎等，一来会使局部组织出现水肿的情况，二来可能会影响到血管的正常血供，三来会导致阴茎短小，严重的甚至会使生精组织出现坏死的情况，对之后的生育造成一定的影响。
阴茎大小也会遗传，但是也要看孩子后期的发育，如果健康就没有问题，有没有生育能力或者是性生活和谐不和谐，对于阴茎大小的关系并不大，如果勃起后，大于8厘米都是属于正常的，不要太过于纠结遗传不遗传，本身没有问题，就不要担心孩子会有问题。
阴茎大小和个人体质遗传有关系，正常成人的阴茎在疲软状态下有7-9厘米，勃起以后大概就是11-16厘米。如果疲软状态下小于5厘米，而且勃起时小于10厘米，才能叫阴茎短小。作为大多数男性来讲，性成熟期是18周岁，基本发育就差不多了。
遗传阴茎短小可以治疗的，通过手术整形或延长即可。必须要有医生当面检查一下看看具体多大，是否有必要手术，以及手术效果，存在的风险等，需要有个大概的评估。平时可以多吃一些刺激雄性激素发育的食物，适量参加体育锻炼。
包茎造成的阴茎短小不会出现遗传的，不过阴茎短小很有可能是先天性发育的问题导致出现的。正常成年人的阴茎勃起只要超过十公分，直径大约4-5个厘米，都是属于正常的，如果短于数值属于阴茎过小的现象。
