在临床上，引起性功能障碍的原因有：
第一点，就是生理上的问题，当人类变老时，性机能就会慢慢衰退。
第二，是心理上的原因，此外，也存在着一定的心理和心理问题，比如说患者在做爱的过程中会很紧张，也会因为之前的性爱失败而产生不正常的行为。还有一些性机能失调，这也许是因为宗教的文化观念造成的。
第三，也有可能是由于肥胖症引起的，患有糖尿病的患者，可能会引起性功能障碍。
心理和精神因素是影响男性功能的很大的一个因素。长期心情抑郁的男性患有性功能低下障碍的比率远远高出身心健康的男性。家庭生活、居室环境、环境因素发、夫妻感情等因素都会影响男性的心理，从而影响到男性的性功能。
性功能障碍的病因很多，有的患者受某种信仰观念的影响，会使患者对性生活产生反感，从而造成性功能障碍，还有的患者也会有器质性的疾病，例如糖尿病患者，睾丸发育不良等。
有些患者会有雄性激素和雄性激素的分泌不正常，从而引起性功能的紊乱。还有一部分患者由于精神上的问题，例如第一次发生性生活，精神上的紧张，没有足够的性经历，没有足够的性技能，会造成某些不正确的性欲，最终造成患者的性欲失调。对于这种情况，要想有效的解决，首先要解决的就是这些原因。
导致性功能障碍的原因很多，比如：尿道上裂，阴茎弯曲，精囊炎，前列腺炎，精索静脉曲张，以及其他内分泌方面的问题。
如果患有了性功能障碍，需要及时的进行治疗，这是一种对病人有很大伤害的病症，会对病人产生很大的精神负担。在日常生活中要注意饮食方面要注意清淡，要避免抽烟、喝酒，不要食用辛辣刺激的食物，适当运动。
引起性功能障碍的原因有心理因素：紧张、恐惧、焦虑、抑郁，性知识缺乏等；生物性因素：激素水平的异常、龟头敏感度等；疾病因素：血管病变、包皮过长、前列腺炎、精囊炎、尿路感染、神经性疾病等。
性功能障碍是神经损伤、内分泌失调等原因引起的。
神经性勃起功能失调，这是因为主宰阴茎勃起的神经受损所引起的，我们把它叫做神经性勃起功能紊乱。比如前列腺癌，或者是直肠癌，做了手术，切除了前列腺，切除了直肠癌，控制阴茎勃起的神经，就在这两个器官的边缘，如果损伤了神经，就不能再勃起了。另外和还可能是男性的雄性荷尔蒙分泌不足，导致睾丸机能下降而导致的勃起功能紊乱。