根据临床体征即可诊断。隐匿阴茎：是因为阴茎皮肤不能像正常人那样附着于阴茎体，以致看来阴茎小甚而看不到阴茎，如以手向后推阴茎旁皮肤时。就可露出正常大小的阴茎。常并存包茎，也可伴尿道上裂。
通常，阴茎短小的治疗不需要太多时间。首先，患者需要做的是了解疾病的原因并找到治疗方法。在彻底了解病因后，采用适当的治疗方法。治疗阴茎短小，只要选择正确的方法，治愈疾病的机会就会增加。
缩阳症：是男科中的急症，常突然发病，阴茎。阴囊同时上缩，阴茎所剩无几，患者自觉剧痛、出冷汗、心悸等。不发病时如同常人。阴茎长度正常，第二性征发育良好。有经验者自然容易分别。
一般会需要彩超以及生殖激素水平检测。常规检查是通过直观测量阴茎的大小，了解患者是否是小阴茎。在检查的过程中要注意阴茎勃起的长度和硬度，还有了解阴茎海绵体的发育情况等。
测量阴茎的大小，注意阴茎勃起后的长度，直径和硬度，短阴茎的诊断不能轻易确定，临床上，有很多人认为的阴茎短小不是真的阴茎短小，是由于个体差异和其他因素造成的错觉。
由于区域的不同，那么其消费的水平就是不同的，那当地的医院检查的疾病的费用就会不一样，不过一般来说，检查的费用都是不贵的，能够接受的。如果进行手术需8000-1万元。
