勃起时间长了阴茎两侧疼可能是泌尿生殖系统感染性疾病。感染性疾病会通过性生活交叉感染，如果有不洁性接触不排除有性病的可能如生殖器疱疹等。及时检查确诊，明确病因后对症治疗。
当男性朋友患有阴茎勃起疼痛时，应该看出是否存在阴茎创伤和损伤，无论是有皮炎，尿道炎，尿道狭窄等，包皮过长，粘连。当阴茎勃起时，包皮会更加疼痛，阴茎会变形，直立时阴茎会更疼。
阴茎勃起时龟头有时会疼，龟头炎的可能性非常大，如果有包皮过长的问题，那么导致龟头炎的主要原因就是包皮过长了，由于包皮过长，内板分泌物不能及时清除，使病原体在此生长繁殖而引起局部炎症。
勃起时间长了小肚子疼考虑患者有慢性前列腺炎,因为在勃起状态下需要前列腺充分的充血来完成,而勃起时间长了小肚子会疼,往往是患者伴有慢性前列腺炎。伴有慢性前列腺炎可以观察自己是不是同时伴有排尿方面的问题,需要前往男科专科就诊，留取前列腺液作检查，排除前列腺炎等疾病。平时少吃辛辣刺激的食物，忌烟酒，保持充足的睡眠，少熬夜。
有可能是因为阴茎发育不良导致勃起疼痛。应该到正规医院进行检测是否存在包皮过长、包茎等问题，若存在，可采用器官修复或康复等治疗方法。或者是因为炎症感染引起阴茎勃起后龟头疼痛：如尿道炎、龟头炎、前列腺炎、精囊炎等，治疗炎症即可。
长期勃起蛋疼大多数情况是丸炎症或者是肾虚导致的，需要及时选择专业的医院进行检查，并根据检查结果进行科学的针对性治疗。还需要在日常生活中忌食辛辣刺激性食物，尤其忌烟酒，平时饮食以清淡为主。