注射黄体酮，短期内会出现偶尔的恶心，呕吐，头痛等。如果长期饮用可能会引起胃肠道症状，同时可引起过敏，痤疮或者是月经紊乱。如果不是由于黄体功能不足的情况下，一般都催不来月经。
需要针头进入2.5厘米左右，黄体酮注射液是油性制剂，需要肌肉注射，打完局部有包块是注射过浅引起的，注射24小时后，可进行局部热敷促进吸收，者土豆片进行局部敷就可以了。
怀孕吃黄体酮不良反应为体重增加，引起恶心，呕吐，头晕，头痛等症状。
妊娠后服用孕酮可以起到补充孕酮的作用，预防人流的发生，服用孕酮可以起到保胎作用，服用维生素e可以减少副作用。在用药过程中要尽量不要做剧烈的运动，不要同房，这样可以降低人流的风险。平时要多食用一些深绿、富含叶酸的蔬菜，比如菠菜、莴笋等，平时要多吃一些营养丰富的食物。
女性在怀孕早期出现先兆流产，检查孕激素又提示孕酮偏低，那这时就可以考虑肌肉注射黄体酮针剂，进行保胎治疗。而黄体酮肌肉注射有一定注意事项。首先在注射结束后，建议可以用热毛巾来热敷注射部位，以促进药物的吸收，同时又能缓解疼痛。
肌肉注射打到皮下会导致皮下水肿或坏死的危害。
有一些药物打到皮下后，仅仅是让吸收变慢，可以通过使用其他的药物让药效达到较好的程度。有的药物打到皮下，会导致皮下的水肿，甚至出现坏死，这就需要使用其他的药物，再在局部注射或者湿敷、热敷等方法来帮助药物的扩散或吸收，以防止出现不利的情况。还有一些药物打到皮下后会出现明显的疼痛，也可以使用一些方法来使疼痛减轻。总之，创面需要严密观察，以防止出现其他不利的情况。
建议不要在有很多血管和神经的地方下针，皮肤一定要消毒，使用一次性针管。
该药的副作用包括以下几方面，首先长期注射黄体酮可能会引起胎儿畸形，例如造成女性胎儿男性化或者增加脊柱裂的风险，其次打黄体酮可能会造成水钠潴留，引起孕妇体重增加，组织水肿。然后打黄体酮可能会引起患者头晕以及恶心呕吐，主要是由于黄体酮有舒张颅脑血管以及刺激胃肠道的作用。