要看囊肿在什么具体位置，如果囊肿不在子宫处，可以暂时不用治疗。如果囊肿比较大，生完孩子以后手术切除就可以了。如果囊肿在子宫内，要看囊肿的具体大小，才能决定如何治疗。
怀孕卵巢囊肿一般需观察孕十二周，因妊娠后亦可并发黄体囊肿。卵巢囊性肿瘤是一种罕见疾病。黄体囊肿可随妊娠持续而自行变小，甚至消失。若是有恶变的可能时必须立即就医检查。最近若发生良性囊肿伴出血，不是扭转破裂，也不是疑似恶性的。若是子宫内膜异位而引起不孕时必须立即就诊。无论妊娠哪期，均应积极手术，以免耽误病情。卵巢是孕育胎儿最重要的场所之一，而子宫则对卵子起着保护作用。妊娠12周以前，卵巢囊肿手术不容易，由于妊娠12周前胎盘尚未形成，无法产生充足孕激素，无法维持胚胎发育。此时子宫内膜已开始增生并有成熟细胞分泌出大量孕酮，这时若对胎儿已经发生影响，就应及时终止妊娠。
建议孕妇保持良好的心态，主要休息，主要合理饮食。
怀孕有囊肿要根据怀孕的周期和囊肿变化情况选择不同的处理方式。
若孕早期检查B超时发现有卵巢有囊肿，通常建议观察为主，因为囊肿大部分是生理性的黄素囊肿，一般在怀孕3个月左右自然消失。若3个月后检查发现囊肿在逐渐变大，则建议等到怀孕4个月左右进行手术治疗，因为怀孕4个月左右胚胎较稳定，此时进行手术相对安全，及时手术能够有效避免卵巢囊肿扭转或恶变。
怀孕长囊肿具体的治疗方法，需要根据囊肿的大小进行决定。
如果在怀孕之后囊肿比较小，没有对胎儿健康产生影响，一般不需要特殊进行治疗，可以定期到医院做复查。但若在怀孕之后囊肿比较大，而且对胎儿产生了压迫，则需要及时采取手术切除囊肿的方式进行治疗。
在怀孕之后需要定期到医院做复查，及时了解胎儿的生长发育情况。
即使卵巢有囊肿也可以怀孕。卵巢囊肿不影响女性排卵功能，不影响激素分泌就可以怀孕。女性怀孕涉及多个方面，如果没有不孕症可以怀孕。
一些卵巢囊肿没有优势卵泡，如果卵泡没有成熟或排卵，怀孕就很困难。此外，还存在多囊卵巢综合征、巧克力囊肿引起输卵管粘连梗阻等不孕，妊娠难度较大，而黄素囊肿为双侧黄色化囊肿，由葡萄胎和滋养细胞疾病引起，生理、自然消退，对女性生理功能无较大影响。
一般情况下，怀孕初期卵巢囊肿治疗要根据囊肿的性质和患者的症状决定。
1.如果囊肿直径在5cm以上，一般需要进行手术治疗，避免卵巢囊肿破裂引起急腹症。
2.如果是良性的生理性囊肿，囊肿直径在5cm以下，患者没有明显的临床症状，一般不需要特殊治疗。
日常生活中，应注意个人卫生，饮食清淡，作息规律，多休息，保持良好的心态，注意合理运动，增强自身的体质，有利于身体健康。