产生先兆流产的原因可能是孕妇患有全身性疾病，如严重感染、严重贫血、糖尿病、严重贫血。或孕妇生殖器官异常，如子宫畸形、子宫腺肌瘤、宫腔黏连。或内分泌异常，如黄体功能不全、高催乳素血症、多囊卵巢综合征、甲状腺功能减退。或孕妇过量吸烟、酗酒，过度饮咖啡等不良习惯有关。
首先是胚胎因素染色体的异常，是早期流产的主要原因。其次是母体因素，母亲本身有一些基础性的疾病。最后黄体功能不足，因为孕酮低，导致先兆流产的发生。妊娠期间如有先兆流产征象，应及时就诊。
先兆流产原因：孕妇方面：包括内分泌功能失调如黄体功能不健，甲状腺功能不足等，孕妇感染性疾病，毒性物质接触及生殖道畸形如双子宫，子宫肌瘤等均易导致先兆流产。胎儿方面的因素：则最突出的是受精卵的染色体异常，父体或母体生殖细胞不健全是主要原因，其他原因如脐带供氧不足，羊水疾病，胎盘病毒感染以及某些妇科炎症等，也会引起流产。外环境因素：不恰当的性生活尤其是在早孕早期易引起流产。
子宫畸形：如果说女性子宫畸形，比如双角子宫，子宫发育不良等都会导致胚胎难以着床，即便着床了也会发育不良，一不小心就会出现先兆性流产症状。胚胎异常：胚胎异常也是导致先兆性流产的原因之一，有一些女性怀孕之后，往往会因为遗传因素。
身感染时高热可诱发子宫收缩引起流产，某些已知病原体感染如弓形虫，单纯疱疹，人支原体，解脲支原体，巨细胞病毒与流产有关，孕妇心力衰竭，严重贫血，高血压，慢性肾炎及严重营养不良等缺血缺氧性疾病亦可导致流产。