多囊的治疗方法是药物进行治疗或是进行腹腔镜下等双侧卵巢进行打孔手术。多囊卵巢是由于体内内分泌激素异常引起的疾病，会引起月经周期的推后，甚至是闭经表现，同时由于稀发排卵或者持续无排卵，所以常常会引起怀孕困难。
多囊肾的治疗方法可采取开放腔镜手术和微创手术进行治疗，对压迫肾脏的囊做去顶减压治疗以改善症状。如果有感染，那么就要控制感染，如果长结石，那么就需要按照肾结石来治疗，对于多囊肾里头，某些囊肿长的比较大的，可以去做穿刺，或者是做腹腔镜。
多囊卵巢综合症经有效治疗后，大部分都是可以正常怀孕的。临床针对多囊卵巢的治疗方法比较多，比如中西医结合的药物治疗，调理内分泌，增强子宫卵巢功能进行排卵，或通过腹腔镜技术针对多囊卵巢治疗或进行人工卵巢技术治疗等病情康复以后，病人能排出优势卵泡，就可以怀孕生育了。
多囊肾治疗方法包括保守治疗和手术治疗，多囊肾患者处于早期，若出现相关临床症状，可做对症处理，如减少囊液分泌、降低患者血压或者采用一些中西医相结合的药物，来缓解患者的症状；手术治疗多采用囊肿去顶减压术治疗，即把肾脏囊肿单独打开，降低对周围正常肾组织的压迫，保护正常肾组织的功能。
多囊卵巢不孕症的治疗方法有很多，可以使用药物治疗药物主要是性激素类药物。主要适用于年龄较轻、有生育要求的多囊卵巢不孕的病人，如果已经特别严重的病人，还可以通过手术治疗。
多囊肾分为常染色体显性多囊肾和常染色体隐性多囊肾，这2个都是因基因突变导致的遗传性疾病。目前有抑制囊肿生长的药物，如血管升压素2受体拮抗剂，生长抑素、西罗莫司等正在进行三期的临床试验，疗效和副作用尚未明确，有可能是以后多囊肾治疗的最新方法。而目前多囊肾的治疗重点在于治疗并发症，缓解症状，保护肾功能。