怀孕后孕酮低，原因多种，其中一半是因为胚胎本身有问题，只有少部分是由于黄体功能不全造成的。还有些是感染各种病毒导致的。免疫方面的因素，比如封闭抗体阴性。内分泌方面的原因，比如多囊卵巢综合征和甲功异常。跟环境因素也有关，接触了有害物质，放射线等。
怀孕初期孕酮低可能是怀孕时间较短的原因造成的。
通常情况下，常规的黄体酮检测是一种脉冲性的，因此，黄体素检测的客观性和准确性对临床应用具有一定的局限性。黄体酮、孕酮低，说明黄体功能不足，可以适当的服用黄体酮、孕酮等。如果出现了子宫内的阴道流血、腹部疼痛、胎儿畸形引起的孕酮偏少，那么补充孕激素就没有任何的实际价值了，要做胎儿状况的检测。
孕酮过低一般是因胎儿发育不正常所致。
孕酮是从卵巢黄体中分泌出来的天然孕激素，孕酮能保持正常范围内的正常妊娠。先兆流产或宫外孕，均容易影响卵巢黄体对孕酮的分泌。所以在怀孕之后如果发现孕酮偏低的话，就需要先排除宫外孕，有先兆流产问题的话，同时会有胎心。也可以补充黄体酮来提高身体的孕酮水平。如果孕酮能恢复到正常水平，胎儿仍可保留。
妊娠早期孕酮偏高，与其自身的黄体功能不全有关，也有一些原因是胎儿的品质不好，或者是自然流产。在没有做B超的情况下，是不是子宫内孕，黄体酮低于15.9ng/ml，说明是宫外孕。hcg和孕荷尔蒙都很低，是因为受精蛋着床部位的营养条件不好。
在日常生活中，饮食营养要均衡，多吃新鲜的蔬菜和水果，适当的运动，比如慢走、打球等，有利于身体的健康。
孕后孕酮低的情况，通常是因为肾上腺和甲状腺功能失调所导致的；也有女性子宫受到创伤，黄体功能不全也会出现孕酮低。另外，胎儿发育的异常，也容易出现孕酮低的情况。孕酮是由卵巢黄体分泌出的一种激素，如果在怀孕期间出现孕酮低的情况，很容易引起流产的可能。