怀孕三个月肚子疼可能是肠痉挛、先兆流产等因素导致的。
妊娠三个多月后，如果肚子疼，首先要检查疼痛感的位置，如果是在肚脐之上的位置，可能是因为胃肠道功能不好导致的肠痉挛引起的。如果腹痛发生在小腹，伴有腰部坠胀、阴道流血等症状，可能是先兆流产，应及时到医院进行B超检查，确定胎盘位置，建议进行保胎处理，并在床上静养。
怀孕三个月肚子疼怀孕后子宫变大，子宫韧带受到牵拉导致的，还有一部分是正常的生理现象，一般生理性腹痛不是很严重，发作时间也很短暂，主要是因为一般不会影响日常生活也不用医治。
孕妇初期怀孕肚子疼的因素如下：
孕妇肚子疼痛的部位如果在骨盆以上，可能是由于自身胃肠道功能有问题，患病因素可能是由于食用辛辣、刺激、寒凉的食物导致的，平时注意饮食清淡，多喝水，注意休息即可逐渐恢复。如果疼痛部位处于骨盆位置，且疼痛症状类似月经来临的情况，可能纯在先兆流产的可能，建议及时前往医院进行B超或是孕酮测验检查，保证胎儿的健康发育。
一般来说怀孕快三个月了，肚子疼的原因很多，具体分析如下：
1.生理性肚子疼，比如子宫增大，牵拉周围韧带，都会导致肚子疼。这种肚子疼主要发生在起身弯腰的时候。
2.异位妊娠。如果怀孕快三个月，肚子痛，阴道出血，很可能是宫外孕，需要去医院做彩超确诊。
3.卵巢肿瘤，卵巢肿瘤引起的腹痛主要表现为肠绞痛、腹部不适、腹部异常肿胀等。
一般来说，早期怀孕肚子疼有可能是先兆流产。
怀孕初期肚子疼，有可能是先兆流产，有很多因素导致的，比如怀孕前三个月胚胎发育不稳定，如果不适应外界环境，有可能导致先兆流产，也有可能是母体和胎儿自身发育不良导致的，疼痛的部位在下腹部，伴有阴道出血。如果没有先兆流产的可能性，需要考虑是消化道疾病，同时还会出现腹泻。要有医生的指导。
一般来说，刚怀孕肚子疼可能有以下原因：
子宫增大可能会引起子宫韧带出现轻微的牵扯痛，这种疼痛影响较小，基本无需进行治疗。宫外孕可能会导致出现一侧下腹部隐痛，建议产妇尽早前往医院就诊，通过抽血检查HCG及孕酮，并且隔1天再抽血检查1次的方式明确是否为宫外孕的情况；此外，先兆流产也可能会引起下腹部疼痛的症状，建议结合实验室及B超检查，采取相应的手段进行治疗。
此外，建议孕妇在日常生活中，定期到医院做产前检查，还要注意饮食健康，多吃新鲜的蔬菜和水果，保证营养均衡，多注意休息，避免劳累，保持心态平和，有利于身体健康。