胚胎停育是指在孕十二周前胚胎在某些因素的影响下导致发育停止。大部分的胚胎停育是染色体问题导致的，男性精子活力差、畸形精子率高也可导致胚胎停育，子宫畸形也会引起胚胎发育不良。
胚胎停止发育的原因可能是孕妇自身的因素，子宫发育畸形或者是免疫力低下，某些传染性疾病等。在怀孕期间用过药，或者是接触放射线，有可能是内分泌出现了异常情况。也可能是胚胎染色体异常，精子的染色体异常。
怀孕胚胎停止发育可能是子宫异常、内分泌失调、精子异常、精神因素等原因。
子宫异常。胚胎能否正常发育与子宫环境因素相关，如果子宫内膜较薄、粘连、畸形等，会导致胚胎发育异常。内分泌失调。若患者体内激素水平失调，过高或过低时，会因此导致胚胎停育，内分泌失调通常是由黄体功能不全、多囊卵巢综合征等引起。精子异常。当男性精子活力较差、生殖器官有炎症等，也会造成胚胎停止发育。精神因素。在怀孕期间孕妇出现焦虑、抑郁、失眠等不良情绪，会使机体功能降低，导致免疫功能紊乱，造成胎儿发育异常。
胚胎停止发育的原因是比较多的，比如孕妇自身的因素、子宫发育畸形或者是免疫力低下、某些传染性疾病等。在怀孕期间用过药、或者是接触放射线，有可能是内分泌出现了异常情况。多数情况和染色体发育异常，有一定的关系。
遗传因素为最主要的因素，父母年龄，以及妇科因素，遗传因素与胚胎染色体异常有关，父母的年龄较大为胎儿停育的主要危险因素之一，妇科因素，孕妇子宫畸形、盆腔感染、患免疫相关疾病，也是主要的危险因素之一。
早期的胚胎停止发育，多数是胚胎本身的问题，属于自然淘汰的过程。如果只发生1次胚胎停止发育，一般不作过多处理。对于2次或者2次以上的胚胎停止发育，需要寻找原因，比如夫妻双方染色体异常，导致胎儿染色体异常，母体封闭抗体缺失——母体中胎儿保护性抗体缺失，母体抗心磷脂抗体(+)，导致微小血栓形成后胚胎供血异常等。