单侧巧囊肿会影响怀孕，但不会导致不孕，所以单侧的巧囊仍然是有自然受孕的可能的，除了看巧囊是单侧卵巢还是双侧卵巢，还需要看巧囊的大小，巧囊越大，对怀孕的影响可能越大，巧囊越小，对怀孕的影响会越小。
如果患了单侧巧克力囊肿，可以选择在女性排卵期前后同房，可以增加怀孕的几率。患者应该去正规医院的妇产科检查，根据检查的结果对症治疗。平常应当注意休息，避免劳累过度，避免重体力劳动，可以多吃新鲜的蔬菜和应季的水果，忌食生冷辛辣刺激性的食物，少吃寒凉生冷的食物。保持轻松愉悦的心情，缓解压力，注意保证充分的休息和充足的睡眠。可以适当运动，提高身体的免疫力。
巧克力囊肿一般的很少会导致不孕的，只要孕激素和卵巢的排卵功能正常就可以自然的怀孕的意见建议但是子宫内膜异位症容易对怀孕产生不好的影响，另外会导致痛经以及月经的量的异常。
巧囊也就是说是巧克力囊肿，如果囊肿比较大的话，不进行治疗的话，基本上是不会怀孕。如果超过5厘米的情况，需要手术。囊肿会引起育龄妇女不孕，且原因是多方面的，囊肿生长过快过大可影响卵巢的血运和排卵直接导致不孕。
巧囊指的是卵巢巧克力囊肿，因囊肿内液体似巧克力样而得名。巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，是指子宫内膜异位到了卵巢上。来月经时，异位到卵巢的子宫内膜也会出血，这样囊肿就会慢慢变大。