怀孕初期流褐色分泌物是否会胎停育，需要根据实际情况来判断。
怀孕初期，如果胎儿发生胚胎发育不良的情况，会导致底部蜕膜出血，但是出血量并不多，而且是棕色的。如果黄体功能不全，可以口服黄体酮胶囊、地屈孕酮片、黄体酮胶囊等，多注意休息不要有事。如果没有流血，没有棕色的排泄物，HCG翻番，超声波显示胎儿还活着。如果棕色的排泄物继续增加，持续的时间越久，就会导致出血增加，并且会伴随着下腹部的疼痛，血液HCG和黄体酮都没有升高，如果B超显示胎儿的生长状况并不符合怀孕周期，那么就会导致胎停育。
怀孕初期流褐色分泌物不一定会胎停育的，需要注意观察，看有没有肚子疼痛，如果没有出现肚子疼痛的感觉，那就暂时不用处理，因为在受精卵着床期间会出现轻微有出血丝的现象，这属于是正常的表现。
胚胎停育的原因主要有几个方面，第一就是生殖内分泌方面，因为胚胎早期发育的时候，需要三个重要的激素水平，一个是雌激素，一个是孕激素，一个是绒毛膜促性腺激素，如果母体自身的内源性激素不够，就会造成胚胎的停育。第二是生殖免疫的问题，如果自身有某种抗体，就会抵制胚胎的发育。第三是子宫的问题，如果是子宫的内环境不好，或者是畸形。
怀孕出现胎停，可采取一些措施终止妊娠。在胎停后身体完全好的三个月到半年左右，可以再次怀孕，如身体没有完全好，不能及早的怀孕。怀孕时做好体检工作。备孕前，不接触放射性物质，男性要戒烟戒酒，不能接触放射性物质，男女都要规律生活。
胎停育的发生主要是由女方引起的，所以治疗的时候以女方为主，但是也不排除男性一方的原因，若女性检查正常。去当地三比较医院检查，有胎停育的女性不能过分的担心，一定要去医院检查治疗才能不影响后期的生育。
胚停育临床上又叫稽留流产，是指子宫内的胚胎或胎儿死亡后未及时排出。常见的原因包括胚胎的染色体异常，这种占50%-60%。母体的因素包括母亲患有严重的感染性疾病、高热、严重的内科外科的疾病，还有母体的黄体功能不足、甲状腺功能低下、严重的糖尿病以及母儿血型不合、孕妇抗磷脂抗体产生过多，都可以导致胚胎停育。