引起卵巢囊肿的原因主要以下几个因素：遗传因素，20%～25%有家族史；内分泌因素，临床上很多基本病理生理改变是卵巢产生过多雄激素，而雄激素的过量产生是由于体内多种内分泌系统功能异常协同作用的结果；此外还有生活方式因素以及环境因素。
引起多囊卵巢原因目前不明确，认为它是一种卵巢增大并含有很多充满液体的小囊雄激素水平增高、不能排卵的内分泌疾病。最显著的特征是无排卵。囊卵巢的发生与月经调节机制失调有关。会出现肥胖、不孕、月经失调。建议一旦确诊为多囊卵巢，需要及时到正规专科医院进行治疗。
多囊卵巢综合征，首先就应该调整生活方式，应该控制饮食，增加运动，减轻体重。其次就是药物治疗了，可以周期性的口服短效避孕药，减少雄激素的产生，抑制子宫内膜的过度增生，抑制毛发生长，治疗痤疮，调节月经周期；对于有生育要求的女性，可以使用氯米芬等药物来诱发排卵。最后就是手术治疗。建议及时就诊，在医师指导下，选择治疗方案。
多囊卵巢囊肿可以手术治疗，如果囊肿比较小而且是良性的，一般不需要治疗也可以的，如果囊肿较大就可以手术，同时也要注意术后的保养，保持外阴清洁预防感染，少吃辛辣刺激性食物。
多囊卵巢囊肿可以是生理性的（即是正常的随生理周期的变化可以自然消失的）或病理性的（由于疾病而形成的囊肿），生理性的囊肿无需手术，而病理性的囊肿，往往需要手术来明确诊断并作相应的处理。
多囊卵巢和卵巢囊肿相比，多囊卵巢更为严重。是因为多囊卵巢属于内分泌疾病，常常是由于遗传因素和环境因素相互作用导致的，由于卵泡不能正常生长发育和排出，因此就会导致女性出现月经失调、面部痤疮，甚至肥胖等其他并发症，还可能影响女性的生育功能。卵巢囊肿可能是生理性囊肿，也可能是普通的卵巢囊肿，或者是子宫内膜异位症导致的卵巢巧克力囊肿这些疾病通过手术治疗以后往往都可以治愈，而且不容易影响女性正常受孕。