临床上的习惯性流产，子宫畸形如双角子宫、纵隔子宫、子宫发育不良、盆腔肿瘤，尤其是黏膜下肌瘤等均可影响胎儿的生长发育而导致流产。子宫内口松弛或宫颈深度裂伤都引起胎膜早破而发生晚期流产。子宫畸形，子宫发育不良，盆腔肿瘤都会影响胎儿的生长发育，出现流产的情况，子宫内口松弛或宫颈深度裂伤都引起胎膜早破而发生晚期流产。
惯性流产的主要原因是染色体缺陷，各种子宫疾病，过多接触某些有害的化学物质(如砷、铅、苯、甲醛和物理因素(如放射线)，均可引起流产。去当地正规专业的医院进行检查和治疗。凡是有过习惯性流产经历的妇女再次怀孕的时候一定要禁止进行重体力的劳动。
习惯性自然流产病因复杂，必须经临床诊断，明确病因后对症治疗才能取得较好的疗效。们一般的检查程序是，夫妇双方染色体检查-子宫和生殖道的检查-排卵监测和黄体功能检查-自身免疫抗体的测定-甲状腺和垂体泌乳素的检查-自身免疫抗体的测定-流产绒毛染色体的检查。但是也有一些病人，常规诊断方法并不能检出流产的原因，这可能与染色体的微量缺失和单个基因的异常有关。