如果检查是宫颈囊肿，是不需要治疗的，宫颈囊肿主要是因为宫颈腺体堵塞，导致分泌物，堆积引起来的，不会引起癌变，也不会影响水怀孕，所以不需要治疗。如果是卵巢囊肿，卵巢囊肿体积不超过五厘米，一般三个月之后会，自行消退，如果能持续增大，或者是怀疑有其他病变的情况，可以在怀孕三个月，胚胎稳定之后，做腹腔镜手术治疗。
如果怀孕后发现有囊肿，首先孕妇不需要太担心。怀孕后身体的荷尔蒙会发生很大的变化。之所以会出现囊肿，可能是因为荷尔蒙分泌失调。黄体囊肿的话，怀孕期间一般会自吸收。
卵巢囊肿早期发现后，孕母不应过度恐慌，应进行详细超声检查。这对确定卵巢囊肿的部位、大小、病理性质及处理方法具有重要意义。卵巢囊肿被发现后，应花足够的时间进行观察。通常需要观察到怀孕12周。怀孕后也可合并黄体囊肿，因为黄体囊肿随着怀孕的持续而自行缩小或消失。
怀孕卵巢囊肿一般需观察孕十二周，因妊娠后亦可并发黄体囊肿。卵巢囊性肿瘤是一种罕见疾病。黄体囊肿可随妊娠持续而自行变小，甚至消失。若是有恶变的可能时必须立即就医检查。最近若发生良性囊肿伴出血，不是扭转破裂，也不是疑似恶性的。若是子宫内膜异位而引起不孕时必须立即就诊。无论妊娠哪期，均应积极手术，以免耽误病情。卵巢是孕育胎儿最重要的场所之一，而子宫则对卵子起着保护作用。妊娠12周以前，卵巢囊肿手术不容易，由于妊娠12周前胎盘尚未形成，无法产生充足孕激素，无法维持胚胎发育。此时子宫内膜已开始增生并有成熟细胞分泌出大量孕酮，这时若对胎儿已经发生影响，就应及时终止妊娠。
建议孕妇保持良好的心态，主要休息，主要合理饮食。
怀孕有囊肿要根据怀孕的周期和囊肿变化情况选择不同的处理方式。
若孕早期检查B超时发现有卵巢有囊肿，通常建议观察为主，因为囊肿大部分是生理性的黄素囊肿，一般在怀孕3个月左右自然消失。若3个月后检查发现囊肿在逐渐变大，则建议等到怀孕4个月左右进行手术治疗，因为怀孕4个月左右胚胎较稳定，此时进行手术相对安全，及时手术能够有效避免卵巢囊肿扭转或恶变。
怀孕后早期有子宫囊肿，一般在怀孕三个月之后会慢慢消失的，注意观察不必太担心，平时饮食注意清淡，少吃或者是不吃刺激性的食物，多吃蔬菜水果，适当补充蛋白质，适当运动，不要熬夜，保持充足的睡眠时间。