有巧克力囊肿并不意味着无法怀孕。巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位症囊肿，是引起痛经以及不孕不育的常见因素。如果是比较小的巧克力囊肿，临床症状不典型时可以先尝试怀孕，是有几率成功怀孕的。但是如果巧克力囊肿比较大，或者引起明显的痛经症状时，建议应该先进行手术治疗，同时在术后使用药物才能够提高术后的受孕概率。
巧克力囊肿可以怀孕的，但是会对怀孕产生一定影响。
巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位囊肿，该病的患者盆腔内器官和组织广泛粘连和输卵管蠕动减慢，会导致卵子排出、摄取和受精卵运行异常，从而易发生不孕，不孕率约为40%，所以不是所有患者都不能自然受孕，对于这部分患者，轻度患者先行药物治疗，病变较重者行保守手术治疗，在治疗后可提高妊娠率。仍不能受孕者，还可就诊于生殖医学科采用辅助生育技术帮助患者实现生育愿望。
卵巢囊肿穿刺检查治疗本身对于妊娠是没有什么影响的，但卵巢本身可能会引起出现排卵异常和导致不孕的情况。卵巢囊肿的治疗原则在意一旦发现要及时给予手术治疗。仅仅是比较小的卵巢囊肿对于妊娠是没有什么影响的，穿刺后是不会影响怀孕的，所以在穿刺后是可以生小孩的。
出现了巧克力囊肿，已经到医院做了腹腔镜手术治疗，时候建议在半年之后不可以怀孕的。目前做了巧克力囊肿的腹腔镜手术治疗，还需要使用一些抗生素药物进行抗感染治疗的，如果准备怀孕，可以到医院妇产科就是考虑需要做腹部彩超检测，而且还需要做卵巢功能检查的。
巧克力囊肿，属于子宫内膜异位症的一种，通常手术后三个月后再开始备孕。术后要注意不可以随便服用药物，尤其是激素类的药物，可以多吃些高蛋白高营养的食物，增强体质。平时注意少吃生冷辛辣刺激性的食物，注意腹部保暖，避免身体受风着凉，不要过度劳累和熬夜。
巧克力囊肿主要是平时痛经和月经量增多的情况引起的，也是会影响怀孕的，囊肿比较大的，也是需要手术来治疗的。如果打算要孩子可以安排在排卵期同房，可以增加怀孕的几率。