流产出来的孕囊的处理方法如下：
患者把流产的组织带到医院，让医生检查是否为怀孕妊娠物，再交由医院处理。流产后孕妇应放松心情，注意休息，合理饮食，不吃凉性、生冷、刺激性的食物。应注意个人卫生，一个月内禁止盆浴及性生活，避免发生感染。流产后一周，患者应到医院复诊，确认流产已完全。如果血停的话，可以下次月经后进行复查，及时的到医院进行清宫处理。
人流后一般不建议把孕囊带走，都是留在医院，如果怀疑孕囊异常，可以把孕囊进一步检查。建议人流后休息两周，一个月内禁止性生活，不要吃生冷辛辣刺激性的食物，注意外阴卫生和保暖，人流一周后需要去医院复查彩超。
流产出来的胚胎会放入专用的医疗垃圾袋里，送到专门的地方销毁。
女性在做完流产手术后，需要多注意休息，不用担心流产后的胚胎，医生会进行处理。术后一个月内不得进行性生活，保持良好心态，不要剧烈运动，可以多吃一些有营养的食物来促进身体恢复。术后15天左右就可以前往医院复查，排除宫腔内存有残留物的情况，如果有残留物，还需要再次进行清宫处理。
在孕囊排出后，需要积极吃一些药物进行调理，一般是自行处理的，所以注意观察出血量看一下，一般孕囊排出后出血等还是会逐渐减少的，所以应该注意卫生等，1周复查彩超看看是否残留物的。
流产后的孕囊排泄时间取决于是哪种流产。
正常情况下，每个人的孕囊排泄的次数都不一样，有些人一两天就能排出孕囊，有些人可能要一星期左右才能排出孕囊。如果是药物性流产，通常在服用米索后2-4个小时内就能排出，最多24个小时就能排出孕囊。女性在孕囊排出完后要注意保持外阴部位的清洁，避免出现剧烈的运动，避免着凉。