通常来说造成阴茎损伤的原因是：阴茎切割、机械意外伤、交通事故、动物咬伤狗咬伤占多数，特别是阴茎阴囊的损伤为多。动物咬伤可能出现阴茎皮肤撕脱伤，阴茎缺失或合并尿道损伤。伤后可能酿成潜在的危害，造成软组织损伤、感染、尿道狭窄以及严重时影响性功能。
受到突然的外力使阴茎急骤的弯曲，阴茎海绵体白膜破裂、出血。常发生于阴茎勃起状态下，如性交中阴茎突然向下过度屈曲，同时可听到断裂声，造成阴茎海绵体损伤。阴茎皮肤脱套伤阴茎突出，皮下组织松弛，活动度大，皮肤易被撕脱。
阴茎白膜破裂开放性损伤，由于枪弹或刺伤直接穿破阴茎白膜造成白膜破裂。闭合性损伤多见，阴茎在勃起状态下，白膜紧张度增加。受到突然的外力使阴茎急骤的弯曲，阴茎海绵体白膜破裂、出血。常发生于阴茎勃起状态下，如性交中阴茎突然向下过度屈曲，同时可听到断裂声，造成阴茎海绵体损伤。
阴茎勃起后，由于其内压很高而变得坚硬，这时容易发生破裂折断等损伤，阴茎损伤正是该原因导致的。除阴茎被剪断或割断等自残或故意损伤外，还有很多意外会导致损伤，如：包皮嵌顿，性交时用力不当，阴茎持续勃起等。
阴茎损伤的原因有性生活方式不正确，性爱姿势不正确导致、斗殴、交通事故、工伤、运动受伤等事件导致、各种性自慰器具的广泛应用、手淫的毫不节制都会成为阴茎损伤的主要原因。